在食品工厂设计中，食品工厂洁净室的一般清扫必须在生产工艺操作结束后进行，若有必要在生产前清扫，则工艺生产必须在净化空调系统开机运行时间达到自净要求后方可开始运行。为了防止交叉污染，清扫食品工厂洁净厂房设施的工具均应按产品特点、工序要求、空气洁净度等级的不同分别专用。

食品工厂洁净室的清洁工具一般采用集中固定式或便携式移动式真空清洁设备，保证定期清洁时颗粒物的污染能被清除，也能有效及时地清除一些不适合食品工厂洁净室工作的污染。设置集中式固定式真空清洗系统时，应在洁净室外安装排气扇；不使用时，洁净室内的连接插座应紧闭，以免危及食品工厂洁净室内的压差或气流。设置便携式真空吸尘器时，应设置排气过滤器，其过滤效率应至少与洁净环境相同；使用时应注意对洁净室内气流的影响。
 

如果食品工厂洁净室没有上述清洁条件，也可以用丝光毛巾、尼龙布等纤维材料擦拭，通常一天一次或多次。高级洁净室用过滤水擦拭，有特殊要求的地方也可用符合要求的有机溶剂擦拭。当不需要擦拭室内清洁产品的生产过程时，应使用真空清洗设备进行清洗。

一般小面积食品工厂洁净室采用移动式吸尘器，大面积或高层洁净室采用集中式或真空吸尘系统。安装集中或真空清洗系统的要求如下。

1、集尘装置应布置在负荷中心附近，并考虑隔声、隔振措施。

2、食品工厂洁净室内吸尘口的位置及数量，须根据软管的作用半径(一般为6-12米)而厘定，以便洁净室得以清洁。

3、真空泵吸入端设除尘器，可采用袋式除尘器。

4、除尘系统的管道材料应采用耐磨、气密性，并具有一定的强度，如无缝钢管或硬塑料管。管弯头的曲率半径是管直径的4～6倍，三通的角度一般为30°，最大值不大于45°。水平管道应有一定的坡度，斜率至立管或除尘器。